成績雖斐然，但特色農產品產業畢竟處于行業發展期，還存在一些問題亟待解決，如經營散、品牌亂、主體弱、規模小等。經營散，指的是特色農產品從生產、貯藏、加工、流通到消費的整個產業鏈的經營都是分散的，集中度不高，大的主體少。從農戶的分散種植，到農產品流通經紀人倒貨，以及眾多中小型企業參與的加工流通環節，都是分散型的。雖然很多特色農產品有行業協會，但是協會很多都是各干各的，沒有形成合力。品牌亂，表現在兩方面：一是區域公用品牌管理比較亂，如鐵棍山藥為焦作溫縣產的懷山藥特有的區域公用品牌，但是在市場上買的一根鐵棍山藥，卻有可能是山東產的;另一種亂是企業的自有產品品牌比較亂，由于產業的主體多，有企業，有合作社，還有很多流通經紀人，于是每個主體都給特色農產品取一個品牌名字，而且各說各的品牌故事，造成一個區域的特色農產品有幾十個品牌，大多數品牌的年銷售額都很小，也就幾十萬或幾百萬元，這樣給消費者亂的感覺，無法辨別到底哪家的正宗，哪家是真的好。

主體弱，指的是從事特色農產品產業鏈各個環節的大多數主體處于弱勢地位，對市場不敏感，組織經營能力弱，導致效益不好，而且不穩定。特色農產品也是市場經濟，需要經營者有經營管理能力，既要懂得農業的規律，還必須懂得市場經濟條件下如何去經營好一個產業。然而，很多的特色農產品經營主體由于外在或內在的原因，沒有把特色農產品的資源優勢轉化為產品優勢，進一步轉化為品牌優勢。

規模小，一方面指的是很多特色農產品的整體規模偏小。例如，據調研，2013年，地理標志農產品每個品種的產值在2億～5億元，而地理標志農產品基本都是特色農產品中的佼佼者，屬于當地比較好的特色農產品，更多的沒有申請成地理標志的特色農產品產值就更低了。另一方面單個的主體規模小，特色農產品的標準化基地建設投資大、周期長、回報率低、現金流動性差，需要不停地投入，所以，大多數從事特色農產品的企業或者合作社自己建的基地規模都不大，基本按照“公司+農戶”的模式進行生產。