為更好促進民營經濟健康發展，濟寧高新區對產業結構進行調整和優化，以發展高科技、聚集新產業、培育新動能為核心， 以六大產業為主導，引導民營中小企業集聚集約發展，并把“一區十園”打造成培育發展戰略性新興產業和高新技術產業的核心載體，為高質量發展奠定堅實基礎。

目前，濟寧高新區確定了發展“3+3”產業集群，同步編制了產業鏈招商目錄，百家企業培育、六大產業升級行動業已啟動。積極開展“雙解雙促”活動，加快推進企業內生項目建設，促進本土企業延鏈擴能。2018年，如意全產業鏈等8個項目被列入山東省新舊動能轉換庫，伊頓汽車發動機核心零部件智能制造等79個項目被列入濟寧市新舊動能轉換項目庫。

在民營企業發展方面，濟寧高新區既要“參天大樹”，也要“綠草茵茵”，打造強企方陣。培育龍頭企業規模，引導中小企業向“專精特新”方向發展，打造出一批小而尖、小而優、小而強的“行業冠軍”。為最大限度釋放民營企業的創新潛力和發展活力，濟寧高新區加快實施創新驅動發展戰略，加強企業技術創新平臺建設。堅持以隱形冠軍培育作為激勵手段，引導中小企業面向市場走“專精特新”之路，并獲2018年國家中小企業創新創業升級載體5000萬元資金扶持，遴選200多家民營企業分行業進行培育扶持。到位的政策也促進了一大批民營企業加快發展。